Wraz z rozwojem organizacji zmienia się nie tylko i wyłącznie liczba tworzonych dokumentów, niemniej jednak także sposób, w jaki są one wykorzystywane. Materiały przygotowane na potrzeby jednego działu mogą po pewnym czasie stać się częścią innego procesu, np sprawdzeniu rozliczeń, obsługi reklamacji albo przygotowania umowy. Jeżeli już dokumenty są przechowywane bez wspólnych zasad, odtworzenie ich historii wymaga przeszukiwania wielu folderów, skrzynek pocztowych i archiwów papierowych.
Program do zarządzania dokumentami może porządkować takie zasoby poprzez przypisywanie im określonych dziedzinie, oznaczeń i powiązań z konkretnymi sprawami. Przy organizacji repozytorium istotne jest natomiast uwzględnienie sposobu, w jaki dokumenty są w rzeczywistości wykorzystywane. Podział oparty jedynie na strukturze działów nie za każdym razem odpowiada przebiegowi pracy, ponieważ jedna sprawa może angażować kilka zespołów. W takiej sytuacji przydatne staje się szukanie według różnych kryteriów, takich jak numer umowy, data, rodzaj dokumentu czy identyfikator projektu. Trzeba a przy tym pamiętać, że jakość rezultatów uzależniony jest od poprawności wprowadzonych danych. Nawet rozbudowane funkcje wyszukiwania nie pomogą, jeśli dokument został prezentowany błędnie albo nie przypisano go do właściwej sprawy.
Ważnym elementem pracy z dokumentacją jest postanowienie, kiedy plik pozostaje materiałem roboczym, a kiedy staje się dokumentem przeznaczonym do dalszego wykorzystania lub przechowywania. Różnica ta ma znaczenie w głównej mierze przy projektach, w których powstaje sporo wersji tego samego opracowania. Wstępny szkic może zawierać uwagi, które nie powinny znaleźć się w wersji przekazanej do realizacji, a dokument zatwierdzony może wymagać zachowania bez późniejszych przekształceń. Administrowanie dokumentami i archiwizacja obejmują więc również określenie statusów, sposobu zatwierdzania treści oraz zasad przechowywania wcześniejszych wersji. W praktyce warto rozstrzygnąć, czy poprawki są nanoszone wprost w pliku, czy też każda kolejna wersja jest zapisywana oddzielnie. Pierwsze rozwiązanie może utrudniać odtworzenie wcześniejszego brzmienia dokumentu, natomiast drugie prowadzi do powstawania wielu kopii, jeżeli nie ma jasnych reguł ich oznaczania. Znaczenie ma również postanowienie, kto może zatwierdzić konwersję i w jaki sposób informacja o niej trafia do pozostałych osób. Przy dokumentach związanych z rozliczeniami, zobowiązaniami albo decyzjami formalnymi brak takiej kontroli może prowadzić do korzystania z nieaktualnych danych. Sam zapis historii modyfikacji nie zastępuje jednakże procedury określającej, która wersja jest wiążąca.
Przy kształtowaniu elektronicznego archiwum powinno się uwzględnić też dokumenty, które nie powstały w postaci cyfrowej. Starsze umowy, formularze, protokoły i korespondencja mogą być dostępne jedynie na papierze, dlatego ich przeniesienie do systemu wymaga przygotowania a także sprawdzeniu. Przed skanowaniem warto ustalić kolejność stron, sprawdzić kompletność załączników i oddzielić dokumenty, których nie powinno się łączyć w jeden plik. Pomyłka na tym etapie może utrudnić późniejsze odtworzenie zawartości teczki. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może przechowywać zeskanowane materiały wraz z opisami i umożliwiać ich wyszukiwanie, jednakże skuteczność tego procesu uzależniony jest od jakości skanów oraz sposobu indeksowania. Rozpoznawanie tekstu umożliwia przeszukiwać treść wielu dokumentów, niemniej jednak nie za każdym razem właściwie odczytuje niewyraźne fragmenty, pieczęcie czy odręczne dopiski. Dlatego w sytuacji dokumentów o istotnym znaczeniu potrzebna jest kontrola zgodności pliku z oryginałem. Trzeba także określić, czy papierowy egzemplarz będzie wciąż przechowywany i kto odpowiada za jego lokalizację. Digitalizacja nie oznacza automatycznie, że oryginał można zmarnować. Decyzja w tej sprawie powinna uwzględniać rodzaj dokumentu, obowiązujące przepisy a także przyjęte zasady postępowania z dokumentacją.
Na sposób przechowywania plików wpływa także zmienność warunków organizacyjnych i technicznych. Zespół może zmienić strukturę, pracownik odpowiedzialny za określone sprawy może zakończyć współpracę, a wykorzystywane narzędzia mogą zostać zastąpione innymi. Archiwum powinno zatem uwzględniać sposobność przekazania odpowiedzialności bez utraty informacji o wcześniejszych działaniach. Istotne jest określenie uprawnień do odczytu, edycji, pobierania i usuwania plików, a także zasad ich udostępniania osobom spoza organizacji. W sytuacji danych osobowych i dokumentacji poufnej zakres dostępu powinien odpowiadać konkretnym obowiązkom użytkowników. Osobnym zagadnieniem pozostają okresy przechowywania. Niektóre dokumenty muszą być zachowane przez czas określony przepisami, inne mogą wymagać dłuższego przechowywania ze względu na trwające sprawy lub znaczny. Z tego powodu procedura archiwizacji powinna określać, kto sprawdza terminy i zatwierdza usunięcie materiałów. Znaczenie ma również sposób wykonywania kopii zapasowych a także sprawdzania, czy można odzyskać zapisane dane. Kopia, której nigdy nie testowano, nie daje pewności, że wszystkie pliki będzie można odtworzyć po awarii. Przy długotrwałym przechowywaniu należy co więcej kontrolować dostępność formatów i sposobność otwierania dokumentów na obecnie używanych urządzeniach, ponieważ sama obecność pliku w archiwum nie przesądza o tym, że jego treść pozostanie czytelna.
Zobacz także: program do zarządzania dokumentami.