Wprowadzenie elektronicznego obiegu faktur wpływa na sposób organizacji pracy w działach, które do tej pory korzystały z kilku niezależnych kodów. Dokument sprzedażowy może powstać w jednym miejscu, dane kontrahenta mogą być pobierane z innej bazy, a informacje potrzebne księgowości znajdować się jeszcze gdzie indziej. W takich warunkach integracja KSeF tyczy się nie tylko i wyłącznie przesyłania dokumentów, lecz też ustalenia, jak dane mają przepływać pośród poszczególnymi etapami.
Z praktycznego punktu widzenia istotne jest rozdzielenie procesu wystawienia faktury od procesu jej przekazania do KSeF. Błąd w danych handlowych może pojawić się jeszcze przed wysyłką, a problem techniczny może wystąpić już podczas komunikacji z systemem. Oba przypadki wymagają innego działania. Dlatego przy projektowaniu obiegu warto z dużą uwagą określić moment, w którym dokument uznaje się za gotowy do przekazania, a także sposób postępowania, gdy przesłanie nie zakończy się prawidłowo.
Istotną rolę odgrywa również przygotowanie danych używanych przy tworzeniu faktur. W codziennej pracy zdarzają się zmiany nazw kontrahentów, adresów, numerów identyfikacyjnych, stawek czy sposobu rozliczenia. Jeżeli informacje pochodzą z kilku źródeł, mogą pojawić się między nimi rozbieżności. Integracja z KSeF nie usuwa takich problemów, ponieważ system może tylko przekazać dane, które zostały wcześniej przygotowane w używanym oprogramowaniu. Z tego powodu przed uruchomieniem podmiany informacji warto sprawdzić, czy poszczególne systemy korzystają z tych samych danych i czy pola wymagane do wystawienia dokumentu są prawidłowo uzupełniane. W praktyce właśnie na tym etapie wychodzą na jaw różnice, których przedtem nie było widać, szczególnie gdy jeden dział używa inne oznaczenia niż drugi. W pewnych przypadkach konieczna jest zmiana sposobu zapisywania danych, a czasami wystarczy uwarunkowanie, które źródło informacji ma mieć pierwszeństwo.
Przy większej liczbie dokumentów znaczenie zyskuje również kontrola statusów. Faktura może znajdować się w systemie jako przygotowana, oczekująca na wysyłkę, przekazana do KSeF lub wymagająca ponownego działania. Sam komunikat o błędzie nie zawsze wystarcza, ponieważ osoba odpowiedzialna za dokument musi jeszcze mieć świadomość tego, co poprawnie powinno wydarzyć się dalej. W dobrze opisanym procesie określa się więc nie tylko i wyłącznie sposób przesyłania faktur, niemniej jednak też reakcję na poszczególne zdarzenia. Ma to szczególne znaczenie przy korektach, ponownej wysyłce czy czasowej niedostępności któregoś z wykorzystywanych narzędzi. Automatyczne ponowienie operacji może być uzasadnione w jednym przypadku, natomiast przy błędnych danych może wyłącznie powtarzać tę samą nieudaną czynność. Z tego względu mechanizmy automatyczne powinny być powiązane z informacją, która daje możliwość rozróżnić błąd wymagający poprawy od kłopotu, który może ustąpić bez zmiany danych.
Ważnym elementem pozostaje także możliwość odtworzenia historii dokumentu. W sytuacji pytań dotyczących dokładnie określonej faktury powinno się móc ustalić, kiedy została przygotowana, jakie dane przekazano, kiedy podjęto próbę wysyłki i jaki był wynik tej operacji. Przy ręcznym obiegu takie informacje na prawdę często znajdują się w wiadomościach, notatkach albo pamięci pracowników, jednakże przy wymianie automatycznej powinny wynikać z działania systemów. Integracja KSeF może zatem zmodyfikować nie tylko i wyłącznie sposób przesyłania dokumentów, niemniej jednak także sposób ich późniejszego sprawdzania. Znaczenie mają przy tym uprawnienia poszczególnych osób, zakres dostępnych informacji oraz możliwość utworzenia czynności ręcznie, gdy standardowy proces nie może zostać użyty. Takie sytuacje są częścią normalnej obsługi systemów i warto przewidzieć je jeszcze na etapie ustalania zasad pracy, zamiast dopiero wtedy szukać rozwiązania dla nieszablonowego przypadku.
Zobacz: KSeF API.